Quels sont les 12 meilleurs logiciels de paie en 2025 ?

Vous cherchez le meilleur logiciel de paie pour votre entreprise, mais face à une multitude d’options, vous ne savez pas par où commencer ? TPE, PME ou grande entreprise, nous vous guidons dans la gestion de la paie, vers les solutions les plus performantes du marché. Découvrez une sélection du top des logiciels de paie, réalisée par nos experts RH, qui vous feront gagner en productivité et éviter les erreurs, tout en garantissant votre conformité légale.

Deux catégories de logiciels de paie ressortent, un premier groupe d’acteurs historiques qui s’appuient sur des moteurs de paie robustes mais limités dans les technologies récentes, et un deuxième groupe d’outils pure player qui s’appuient sur des technologies modernes fortement orientées DSN et intégrant des écosystèmes amenant de l’intelligence artificielle.

Le marché reste dynamique, avec des startups qui se lancent avec plus ou moins de réussite, dans un univers digital complexe et en constante évolution : arrêt de Listo Paye, racheté par Septeo et Payfit en difficulté dans un contexte de réduction de voilure. D’un autre côté, des éditeurs ERP historiques cessent le traitement de la partie paie, jugée trop complexe à maintenir (Divalto, Berger Levrault…). Enfin, les éditeurs internationaux simplifient leur solution et limitent les fonctionnalités proposées sur les produits grands comptes, à destination du marché TPE et PME.

L’analyse à suivre est bien sûr, non exhaustive et est une photographie à un instant T.

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Tableau comparatif des meilleurs logiciels de paie en 2025

Liste des meilleurs logiciels de paie en 2025

Nous savons que le choix du meilleur logiciel de paie présente un enjeu stratégique majeur pour votre entreprise. En 2025, des dizaines de solutions performantes sont disponibles sur le marché. Quel est le meilleur outil proposant une gestion efficiente de vos fiches de paie, de vos déclarations sociales, des congés des employés, qui garantit votre conformité légale et la sécurité de vos données ? Pour orienter votre prise de décision quant à cette problématique, nos experts ont établi une sélection de logiciels de paie adaptés à chaque type d’entreprise, de la TPE à la grande entreprise, et du simple besoin de gestion de la paie à l’externalisation de l’ensemble des processus RH.

Pour sécuriser votre prise de décision, répondre au mieux à votre quête du meilleur logiciel de paie 2025, et vous assurer d’obtenir le meilleur tarif, nous vous recommandons de consulter un prestataire externe d’aide au choix. Dotés d’une large expertise, d’une fine connaissance du domaine des ressources humaines et des solutions existantes, les experts Baker Tilly saurons vous guider dans le choix du meilleur logiciel de gestion de la paie, personnalisé selon votre organisation interne.

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La solution de paie Workday offre une approche innovante en mode SaaS, combinant une gestion complète des paies et des ressources humaines. Implanté en France depuis 2016, le logiciel répond aisément à toutes réglementation et spécificités de la paie du territoire. La plateforme cloud de Workday permet un déploiement fluide de mises à jour des données légales et une gestion simplifiée des déclarations sociales (DSN). Bénéficiant d’une interface moderne et intuitive, la solution Workday simplifie la délégation des saisies aux collaborateurs.

Proposant des modules RH complémentaires (gestion des temps, des compétences et des formations) tout en permettant l’externalisation, le logiciel de paie de Workday se veut idéal pour les sociétés de plus de 250 salariés. Workday est d’autant plus adapté à la entreprises multi-pays, grâce à son reporting worldwide, ainsi qu’à sa dimension Finance intégrée. Le coût de la solution est établi de façon personnalisée, après devis, selon les besoins clients et le paramétrage requis.

Conçu pour répondre aux exigences des PME, ETI et grands comptes, dans des secteurs variés (agriculture, aéronautique, agroalimentaire…), c’est avant tout dans le monde de la santé que Cegedim s’est fait une place. Cegedim SRH est un logiciel complet de gestion de la paie, notamment reconnu pour sa GTA (Gestion des Temps et Activités) efficace. Entre gestion des paies, des absences, des déclarations sociales (DSN), et assurance d’une conformité légale, Cegedim SRH propose toutes les fonctionnalités clés attendues d’un logiciel de paie. Son fonctionnement en mode SaaS offre une grande flexibilité d’utilisation, grâce à une connexion via tout appareil connecté à internet.

Ce logiciel de paie inclut des fonctionnalités de reporting avancé, la possibilité de créer des tableaux de bord personnalisés et la dématérialisation de tous les documents RH. Une version d’essai gratuite permet aux entreprises de tester la solution avant de souscrire à la version complète, avec des tarifs disponibles sur demande. Cegedim SRH a l’avantage de proposer un service d’intégration d’API permettant l’utilisation du logiciel de paie via d’autres systèmes, pour une interopérabilité unique.

Proposant un SIRH complet et accessible en mode SaaS, principalement adapté aux PME jusqu’à 250 salariés, Nibelis fait partie des acteurs majeurs de la gestion de la paie en ligne. Crée en 2001, ce logiciel de paie adopte une approche 100 % cloud, offrant de nombreuses fonctionnalités comme la gestion de la paie, des absences, du recrutement et de la formation, ainsi que des outils comme le coffre-fort numérique ou la signature électronique. Bien que connaissant un churn (taux d’attrition) assez important, Nibelis se distingue par une force commerciale à toute épreuve et un accompagnement sur mesure proposé aux entreprises, en proposant trois niveaux d’assistance :

• Gestion déléguée: Externalisation totale de la paie, avec conservation de l’accès aux données
• Gestion accompagnée: Pilotage de la paie et accompagnement dans le traitement de tâches complexes
• Gestion autonome: Utilisation du logiciel de paie en autonomie

Le logiciel Sage 100 Paie & RH propose une offre SaaS complète et automatisée de la gestion de la paie et des ressources humaines, avec une interface intuitive qui facilite la production des bulletins de paie et des déclarations sociales. La réelle plus-value de Sage 100 Paie & RH est l’intégration à la solution d’outils reporting RH avancés et la possibilité de gérer la performance des salariés, grâce à un suivi précis des objectifs et à une analyse approfondie de l’activité de l’entreprise.

En plus des fonctions classiques, ce logiciel de paie propose des options de personnalisation poussées, adaptées à tous types de sociétés : choix du support, gestion des notes de frais, organisation des campagnes d’entretien… Les mises à jour légales sont effectuées automatiquement, afin de garantir une conformité réglementaire continue. Pour profiter des avantages de cette solution, avec des options modulables selon le besoin, il faudra débourser au minimum 759 € par mois.

Cegid, mastodonte français des logiciels comptables et RH, propose une solution SaaS spécialisée dans la gestion de la paie, offrant des fonctions d’automatisation des processus de paie, de gestion des données RH et de conformité continue aux réglementations. La solution est particulièrement appréciée pour son accessibilité et son évolutivité dues à la segmentation de la solution en deux logiciels de paie distincts. Ces deux solutions, s’ajustent aux besoins spécifiques de chaque entreprise, avec un chiffrage des coûts établi sur devis.

La première solution, Cegid PeopleNet, est adaptée aux ETI et grandes entreprises. C’est une solution véritable solution SIRH qui intègre les enjeux de la gestion de la paie, les déclarations sociales, ainsi que la gestion des temps et des compétences. Il se distingue par sa capacité à gérer des paies complexes, comme les paies rétroactives ou multi-établissements, tout en permettant la délégation de certaines tâches via un portail collaboratif.

Le logiciel Cegid HR Ultimate s’adresse quant à lui aux PME et ETI. Cette solution est davantage centrée sur la gestion de la paie et des ressources humaines, proposant un champ d’application plus restreint que Cegid PeopleNet, mais avec une gestion tout aussi efficace des processus de paie, administratifs et RH.

Proginov est un ERP français, proposant une solution de paie et SIRH complète, adaptable et personnalisable, offrant des fonctionnalités avancées pour les entreprises de tous secteurs. Outre la gestion classique des salariés et des absences, c’est un logiciel qui se distingue par la simplicité de son interface et des solutions tierces comme les pointeuses ou les outils de suivi des temps de travail. En tant que logiciel de paie, Proginov facilite la gestion de la masse salariale et des absences en intégrant des tableaux de bord décisionnels pour l’analyse de données RH. La gestion des flux DSN est également optimisée et la relation employeur-employé simplifiée via un portail sécurisé. Malgré un moteur de paie vieillissant, l’outil Proginov est capable de faire de gérer la paie de façon sur mesure paie, grâce à son Core Model ERP.

Proginov s’adresse principalement aux TPE et PME en leur offrant une grande flexibilité grâce au mode SaaS, en ligne. Avec ses fonctionnalités de personnalisation de messages et de gestion des absences, le logiciel Proginov est disponible sur devis avec une version d’essai gratuite.

SAP SuccessFactors est une solution de gestion des ressources humaines et du capital humain (HCM) qui se distingue par sa capacité à automatiser la conformité et à faciliter la gestion des talents par l’IA. Le logiciel n’est pas réputé pour son environnement accueillant mais bien pour sa stabilité à toute épreuve. Il est conçu pour offrir une flexibilité accrue aux entreprises de toutes tailles, et en particulier aux grands groupes. Mettant à disposition près de 200 modules personnalisables, SAP couvre une large gamme de besoins, allant de la gestion financière à la chaîne logistique, en passant par la paie, la formation et le suivi de la performance.

Le logiciel polyvalent est particulièrement apprécié pour sa richesse fonctionnelle, mais son coût élevé et son processus d’implémentation long peuvent décourager certaines sociétés, notamment les TPE et PME, n’ayant généralement pas un besoin aussi conséquent. En effet, en tant qu’ERP, la solution SAP est davantage adaptée à des organisations aux besoins larges et complexes.

Le logiciel Silae Paie est particulièrement apprécié pour sa prise en main simplifiée et son efficacité, permettant aux gestionnaires de paie de traiter aisément jusqu’à 500 bulletins de paie par mois. Toutefois, pour pouvoir bénéficier des services du logiciel SaaS qu’est Silae Paie, il est obligatoire d’être en relation avec un partenaire intégrateur Silae agréé (comme Baker Tilly) qui assurera la mise en place de la solution.

Logiciel de paie en ligne conçu pour les TPE et PME, Openpaye permet de gérer efficacement la création des bulletins de paie et des DSN. En mode SaaS, cette solution 100 % web promet un traitement efficace des paies, une fiabilité hors pair des documents, tout en garantissant une conformité réglementaire continue grâce à des mises à jour automatiques. La gestion multi-dossiers, la prise en compte de 600 conventions collectives et un tableau de bord intuitif, sont autant d’avantages qui facilitent la production de documents et leur suivi.

Les utilisateurs de ce logiciel de paie peuvent accéder à toutes ces fonctionnalités clés, y compris la gestion des contrats, des bulletins de salaire, des départs et des documents de sortie. Openpaye gère de façon personnalisée l’envoi de bulletin par courriel, la génération de fichiers de virement SEPA et la gestion des soldes de tout compte. Les données des entreprises clientes sont hautement sécurisées et le logiciel réduit de manière significative la complexité et le temps de gestion des payrolls.

Le logiciel de paie en ligne Yeap est particulièrement adapté aux entreprises comptables souhaitant proposer une solution complète de gestion des bulletins de salaire, des DSN, des absences et des congés. Ce logiciel a la capacité d’intégrer d’autres outils RH via un système d’API et son pilotage est orienté productivité. Son infrastructure en cloud souverain renforce la sécurité, la confidentialité et la flexibilité de la gestion des données.

Doté d’une interface intuitive et hautement personnalisable, Yeap automatise et optimise la gestion administrative de chaque entreprise, selon ses besoins, quelle que soit sa taille. Avec une attention particulière portée à la migration des données et au paramétrage, opter pour Yeap c’est mettre en place une transition de la paie en douceur, tout en maintenant une sécurité et une conformité des informations.

Wagyz se veut être une plateforme collaborative dédiée et conçue pour les cabinets d’expertise comptable afin d’optimiser la gestion de la paie et le conseil juridique en droit social. L’interface moderne et full SaaS du logiciel facilite la production de la paie, la gestion des entrées et sorties, ainsi que la création de tableaux de bord, le tout étant alimenté par une veille juridique continue. Les gestionnaires de paie, conseillers juridiques et managers utilisant Wagyz bénéficie de modules de simulation budgétaire et d’une gestion complète du cycle de vie des salariés.

Au-delà de ses fonctionnalités de paie, le logiciel se distingue par son approche modulable, ses options de personnalisation avancée et un suivi complet des DSN. Les entreprises et les cabinets utilisateurs peuvent ainsi optimiser la productivité de leurs équipes tout en maîtrisant leurs coûts et en sécurisant leurs données clients. Proposant un accompagnement fluide et unique compris dans un pack de migration, les utilisateurs bénéficient d’une expérience collaborateur de qualité.

La solution de paie et de ressources humaines 100 % web de Weekera est spécifiquement conçue pour les cabinets d’expertise comptable. Le logiciel est construit sous forme d’une approche collaborative, de sorte à placer le cabinet comptable au centre des flux entre les employeurs et leurs salariés. Weekera collecte et traite les données en temps réel, tout en s’adaptant aux besoins des utilisateurs. L’outil met l’accent sur la productivité et l’automatisation intelligente, afin de faciliter le travail des gestionnaires de paie.

Qu’est-ce qu’un logiciel de paie ?

Un logiciel de paie est un outil informatique permettant d’automatiser la gestion des salaires dans une entreprise. Cette solution collecte les données des salariés, calcule les rémunérations en tenant compte des variables (congés, heures supplémentaires…) et génère automatiquement les bulletins de paie conformes. Un logiciel de paie simplifie les démarches de déclarations sociales obligatoires (DSN, DMP, DADS, DDS…), améliore la productivité et réduit significativement les risques d’erreurs. Ce type de logiciel est utilisé par des entreprises de tous types et de toutes tailles pour simplifier et fiabiliser la gestion des ressources humaines.

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Quelles fonctionnalités offrent un logiciel de paie ?

Intégrer un logiciel de paie, c’est bénéficier d’une large gamme de fonctionnalités d’automatisation et d’optimisation de gestion de paie. Ces solutions offrent un calcul autonome des salaires, une simplification des bulletins de paie et une conformité relative à la déclaration sociale nominative (DSN). En plus de gérer les aspects essentiels de la gestion du personnel (congés, GPEC, rémunération…), ces outils incluent souvent des modules RH, des tableaux de bord et des systèmes de reporting avancés, régulièrement mis à jour et dont les données sont sécurisées.

Voici une liste de fonctionnalités dont vous pourrez profiter grâce à un logiciel de paie :

• Gestion de la paie : Calcul automatique des salaires et des cotisations
• Bulletins de salaire : Création, dématérialisation et archivage sécurisé des fiches de paie
• DSN (Déclaration Sociale Nominative) : Génération et transmission automatiques des fichiers
• Gestion des congés et absences : Suivi des absences, RTT, maladie
• Notes de frais : Saisie et gestion des remboursements
• Tableaux de bord et reporting : Analyse des données de paie et suivi des coûts
• Mise à jour : Adaptation aux conventions collectives et aux nouvelles lois

Quels sont les avantages d’un logiciel de paie ?

L’utilisation de logiciels de paie par les entreprises ne se limite pas à la simple automatisation des processus. Ces logiciels apportent de véritables avantages en matière de gestion des ressources humaines. En plus d’automatiser les démarches de paie, ces solutions intègrent la réalisation de mises à jour automatiques et garantissent la conformité légale des déclarations sociales et des bulletins de salaire.

Les entreprises et leur personnel RH peuvent se concentrer sur des activités à forte valeur ajoutée, tout réduisant le risque d’erreurs liées aux tâches manuelles. En somme, un logiciel de paie offre un large spectre d’avantages non négligeables :

• Génération automatique des documents RH
• Réduction des erreurs de calcul
• Respect des obligations réglementaires
• Centralisation et sécurisation des données des salariés
• Accessibilité simplifiée pour les collaborateurs
• Fluidification de la collaboration entre les services
• Simplification du pilotage RH
• Gain de productivité des équipes RH

Combien coûte l’abonnement à un logiciel de paie ?

L’argent à débourser chaque mois pour profiter d’un logiciel de paie performant varie en fonction du nombre de salariés de l’entreprise, des fonctionnalités souhaitées et du modèle de tarification choisi. En l’occurrence, les éditeurs proposent majoritairement des abonnements mensuels, dont le montant facturé varie selon le nombre de collaborateurs que compte la société.

• Pour une TPE : Le coût moyen mensuel d’un logiciel de paie se situe entre 20 et 50 €. Pour cette tarification « abordable », les entreprises peuvent s’attendre à profiter de fonctionnalités basiques.
• Pour une PME : Les tarifs de l’abonnement à un logiciel de paie sont souvent compris entre 50 et 100 € par mois. Pour ce prix, des modules plus avancés sont accessibles : gestion des notes de frais, des congés, des déclarations sociales (DSN)…
• Pour une ETI ou une grande entreprise : Le coût mensuel peut atteindre quelques centaines, voire milliers d’euros. Avec des besoins majeurs de personnalisation, d’externalisation et de sécurité des données, les entreprises comptant plus de 250 salariés peuvent bénéficier d’une tarification à la carte.

Certains logiciels de paie proposent des options freemium ou gratuites, mais pour bénéficier de services complets répondant aux exigences des entreprises, qu’elle que soit leur taille, un passage à la formule payante est obligatoire. Pour les projets de paie complexes et de grande ampleur, l’établissement de devis personnalisés auprès de plusieurs éditeurs de logiciels, dans le cadre d’un appel d’offre, est recommandé afin d’ajuster au mieux l’investissement et de s’assurer d’obtenir le prix le plus attractif et compétitif du marché.

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Comment choisir le meilleur logiciel de paie ?

1. Définir les besoins de votre entreprise

En amont du choix d’un logiciel de paie, il est primordial de passer par une phase de cadrage détaillé des besoins spécifiques de l’entreprise en matière de paie. Pour certaines sociétés, il sera crucial que le logiciel de paie sélectionné inclue une dimension comptable (comme Sage ou Silae), alors que d’autres préfèreront une prestation cantonnée à la paie.

Alors que les TPE et PME, privilégieront des solutions comprenant les fonctionnalités de base servant un gain de temps et une réduction des erreurs, les ETI opteront pour des logiciels plus complets ayant une dimension RH ou comptable plus large. Généralement, les grandes entreprises auront quant à elles besoin d’une solution évolutive capable de s’adapter à une gestion plus complexe.

2. Comparer les logiciels de paie du marché

Une fois le détail du besoin formalisé, il s’agit d’effectuer un comparatif entre plusieurs solutions, en prenant en compte une multitude d’aspects : fonctionnalités clés, prise en compte de la DSN, intégration cloud, API…

3. Prendre en compte le prix et les avis utilisateurs

Le prix d’un logiciel de paie varie selon la taille de l’entreprise et ses besoins. Logiquement, le logiciel à destination de TPE ou PME sera généralement plus abordable que celui destiné aux grandes entreprises, ces dernières prévoyant un investissement plus élevé.

En parallèle, la consultation d’avis utilisateurs quant aux différents logiciels de paie suscitant un intérêt, permet d’obtenir le point de vue concret d’entreprises ayant mis en place la solution, évalué son ergonomie, son efficacité, sa facilité d’utilisation…

4. S’assurer de l’accompagnement et du support

La qualité du service client est également à considérer avant de trancher sur la solution logicielle qui sera intégrée. Un bon accompagnement peut faciliter l’implémentation et l’évolutivité du logiciel de paie selon la variation du besoin de l’entreprise.

Conclusion : quel est le meilleur choix ?

Cet article recense les meilleurs logiciels de paie, selon les experts de notre pôle RH et Social. Son contenu et les comparatifs qui y sont faits se veulent être un excellent recueil pour forger la prise de décision du futur logiciel de paie de votre société.

Gardez à l’esprit que le secteur d’activité, la taille, l’organisation interne, ou encore le budget de votre entreprise sont autant de facteurs qui font varier la pertinence d’un logiciel de paie plutôt que d’un autre pour votre structure.

De plus, le marché des logiciels de paie ne s’arrête pas aux solutions ici présentées. D’autres outils très complets comme Payfit, ADP, Lucca, Mapaye, et bien d’autres, offrent également des services et fonctionnalités variés pouvant répondre à vos besoins uniques.

C’est pourquoi, chez Baker Tilly, nous proposons des services complets de gestion de la paie, incluant notamment la paie internationale, l’internalisation et l’externalisation de la paie. Contactez nos experts en paie et outils RH pour bénéficier d’un accompagnement dans le choix et la mise en œuvre de solutions adaptées, pour optimiser l’ensemble de vos processus internes.